W 1991 roku została przez Biskupa Warmińskiego Edmunda Piszcza re erygowana parafia pw. Św. Jana Chrzciciela w Orzechowie. Jednak za siedzibę parafii ze względu na wyludnienie wsi Orzechowo została decyzją, biskupa obrana wioska Pluski położona 6,5 km od Orzechowa.

W tym czasie w Pluskach funkcjonowała kaplica, która mieściła się w budynku dawnej Szkoły Polskiej. Budynek nawiązywał swoim charakterem do budownictwa końca XIX i początku XX wieku. Nie spełniał też dostatecznie funkcji, która została mu powierzona. Był za mały, wymagał już remontu. Był po prostu zaniedbany. Remont oznaczał dla tego budynku całkowitą przebudowę. Dlatego, aby zachować jego zewnętrzną strukturę podjęto decyzję o budowie nowego kościoła i plebani.

Przymiarki do realizacji tego dzieła trwały trzy lata. W między czasie zmieniło się dwóch proboszczów. Ksiądz Romuald Mężyński pierwszy proboszcz parafii Orzechowo - Pluski po jej erygowaniu, odszedł po roku czasu na stanowisko proboszcza w Butrynach. Jego miejsce w Pluskach w roku 1991 - 1992 zajął ksiądz doktor Marek Stefański, który przygotował częściowo stronę geodezyjną przyszłej budowy i wystąpił do Urzędu Gminy w Stawigudzie o decyzję nr. 1 "wskazania lokalizacyjnego przyszłego kościoła". I na tym etapie sprawa ugrzęzła.

W roku 1993 nastąpiła znowu zmiana proboszcza. Z dniem 1 lipca 1993 roku proboszczem został Ksiądz Norbert Bujanowski. W lecie 1993 roku zostało zrobione mieszkanie nad starą kaplicą. Ksiądz zamieszkał w Pluskach. W tym też czasie zostały podjęte pierwsze kroki związane z przyszła budową kościoła pw. Św. Michała Archanioła w Pluskach. W tę historię bardzo mocno wpisał się pan mgr inż. Franciszek Chabrowski, architekt z Olsztyna, który jak co roku wypoczywał z rodziną na swojej działce rekreacyjnej realizując jednocześnie zamierzenie swojego życia, budowę domku nad Jeziorem Plusznym. Spotkanie z architektem w krótkim czasie zaowocowało pierwsza koncepcją kościoła w Pluskach i w krótkim odstępie czasu następnymi koncepcjami. Wszystkie z nich zostały szczegółowo omówione z Księdzem Arcybiskupem Warmińskim Edmundem Piszczem. W ślad za tymi koncepcjami poszły konkretne działania projektowe oraz administracyjne mające na celu uzyskanie pozwolenia na budowę. Tak minęło lato i jesień. Projekt zaczął nabierać realnych kształtów. W zimę zostały przygotowane wszystkie sprawy związane z dokumentacją architektoniczną oraz dokumenty administracyjne decyzja nr 2 i nr 3. Na wiosnę roku 1994 parafia otrzymała od Urzędu Rejonowego w Olsztynie decyzję nr 4 czyli "pozwolenie na budowę". W tym właśnie momencie rozpoczęła się historia wznoszenia kościoła w Pluskach.